ولد ميسي في 24 يونيو سنة 1987 جنوب مدينة روساريو، في مقاطعة "سانتا في"، بالأرجنتين، لوالدين هما خورخي هوراسيو ميسي (مواليد 1958)، عامل في أحد المصانع، وسيليا ماريا كوتشيتيني، عاملة نظافة،[14][15][16] وتنحدر عائلة والده من أصول إيطالية، وبالتحديد إلى مدينة أنكونا، التي هاجر منها جده، أنجيلو ميسي، سنة 1883.[17][18] لديه شقيقين أكبر منه سنًا هما رودريغو وماتياس وكذلك أخت، تُدعى ماريا سول.[19] في سن الخامسة، بدأ ميسي لعب كرة القدم لنادي محلي يدربه والده خورخي يسمى غراندولي.[20] في عام 1995، انتقل ميسي إلى نيولز أولد بويز في مدينة روساريو، مسقط رأسه.[20] اكتشف في ربيعه الحادي عشر أنه يعاني من نقص هرمونات النمو،[21] وأظهر نادي ريفر بليت رغبته في ضم ميسي، لكن إدارته افتقرت إلى المال الكافي لدفع تكاليف علاج حالته، البالغة 900$ شهريًا.[16] استقطب ميسي انتباه كارلوس ريكساش، المدير الرياضي لنادي برشلونة، الذي سمع بموهبته عبر اتصال من أقارب ميسي في لاردة، كتلونيا، فحصلت عائلة ميسي على فرصة لتعرضه على نادي برشلونة، فانتقل مع والده إلى إسبانيا،[16] حيث عرض موهبته على إدارة النادي، فأذهلهم إلى درجة أنهم عرضوا على عائلة ميسي الانتقال إلى إسبانيا مقابل التكفل بمصاريف علاجه.[20] بناءً على هذا، انتقلت العائلة إلى أوروبا وبدأ ميسي يلعب في فرق الشباب في النادي